立法會工務小組通過機場三跑系統的航空交通管制、航空氣象服務及消防設施的項目，預計合共涉及近48億元。會上有32名議員投票，有24名議員支持，7名議員反對。有議員質疑系統工程原已要向每名乘客收取建造費，政府同時要向機管局支付委託費，質疑當局向納稅人「雙重收費」。

熱血公民鄭松泰在立法會工務小組委員會上指，機場三跑道系統工程，每名乘客要支付80至140元的建造費用，政府還要向機場管理局支付委託費，質疑是否向納稅人「雙重收費」。運輸及房屋局副局長蘇偉文不同意，指兩者是不同的服務和建設，形容是「蘋果和橙的比較」。他解釋機場三跑道系統工程複雜，政府交付機場管理局的委託費用，佔整體工程費的16.5%，較一般政府工務工程的12.5%高。

蘇偉文重申費用較高的原因是考慮到工程的獨特性，及有額外的保險費用，因此要採用收回成本的方式處理，強調費用水平合理，政府亦很有信心可以在175億元預算內完成政府設施工程。

對於政府被質疑以「斬件式」提交撥款申請，蘇偉文說工程涉及實際工地預算，因此政府要在初步規劃後，才能確立實際工程費用。

建築署工程策劃總監黃德才則指，政府現時仍與機管局商討委託協議，強調由於工程時間緊張，因此未落實協議細節，就已經同步申請撥款，有關安排亦是慣常做法。