議員關注機場第三條跑道工程將來出現超支需政府承擔，運輸及房屋局長張炳良指出，三跑工程會吸取高鐵超支教訓，制訂成本控制計劃，包括工程實而不華，避免不必要建設，並已聘用工料測量顧問，獨立評估工程成本。就算出現超支，機管局會獨力承擔。財務顧問亦指機管局可透過額外借貸解決超支問題，政府無計劃包底。

朱凱迪則質疑，九大基建工程已超支66%，三跑工程絕對可能超支，三跑工程財務顧問預計了幾個下行情境，其中一個便是三跑超支50%，令機管局負債總額增至1410億元，不知需還債至何時。機管局屬政府所有，若要繼續還債不派息，已變相等如政府包底。張炳良則指財務顧問預測的下行情境只屬假設性，並非指一定出現。

經民聯石禮謙關注若三跑一旦超支，機管局是否有權無限增加180元機場建設費及航空公司收費。張炳良指出，機管局已承諾機場建設費只會收至2024年，期間不會調整，而航空公司收費會按通脹調整，亦需由行政會議審批。