胃癌在癌症殺手中排行第四，全港每年約有1,000個胃癌新症，平均每10萬人便有15.2人患有胃癌。
沈祖堯表示，胃癌並非一朝一夕之事，正常胃細胞惡化至癌細胞需時數十年，故病人多於55歲以後發病，吸煙及經常進食醃製食物人士尤其高危；患者一般出現消瘦、嘔吐及胃脹等症狀，「但冇一樣嘢確實知道係胃癌」，容易令人掉以輕心。

沈祖堯與中大內科及藥物治療學系副教授于君的研究團隊，成功找出50多種在胃癌前期病變階段表現異常的基因，當中30多種基因出現突變或被激活，約20種基因喪失抑癌功能。他解釋，部份基因改變較顯著，能成為胃癌檢測指標，有助及早確診。
目前已確認5至6個具潛力的胃癌檢測基因，惟單一基因的診斷準確度只有60%至85%，故中大正與內地各大學合作，找出準確度達90%以上的基因檢測組合。
沈袓堯解釋，對早期胃癌病人而言，胃鏡檢查診斷效果未如理想，「病人胃壁表皮可能只有少少改變，醫生起碼要檢查30分鐘，再攞啲組織做活檢化驗」。基因檢測則只需為病人抽血，病人可免除照胃鏡之苦，並省卻不少檢查時間。
另外，研究發現COX-2抑制劑等藥物有效抑制癌細胞生長，但此抑制劑會增加心臟病風險，不宜長期服用。而感染幽門螺旋菌會令胃癌發病率增加兩倍，當中帶有babA2基因型的幽門螺旋菌具較強毒性，容易導致基因變異；換言之，根除幽門螺旋菌能減低患胃癌的風險。沈祖堯及于君憑上述研究成果，獲國家教育部頒發2010年度高等學校科學研究優秀成果獎（科學技術）自然科學一等獎。