在本港被列為受保護物種的中華白海豚,數目不足200條,主要出沒地點包括沙洲及龍鼓洲、西南大嶼山以及磨刀洲等三個水域。世界自然基金會香港分會環境保護經理(陸地保育)梁士倫指出,第三條跑道的填海範圍達到650公頃,剛好處於三個中華白海豚熱門棲息地的中心,最令人憂慮的是工程將令中華白海豚的棲息地永久消失。
梁士倫表示,中華白海豚往來三個棲息地的路線,難以避免受到填海工程干擾,中華白海豚的活動及分佈也會被擾亂。他指出,過去中華白海豚在擠逼的航道上,被船隻撞傷致死的個案屢見不鮮,機管局在諮詢文件中明顯淡化工程對中華白海豚生境的影響,也未有詳細考慮彌補破壞的緩減措施。