港區國安法第55條列明，經港府或駐港國安公署提出，並獲中央人民政府批准，駐港國安公署可以對危害國家安全犯罪案件行使管轄權，當中有三種情況，包括案件涉及外國或者境外勢力介入的複雜情況、出現特區政府無法有效執行《港區國安法》的嚴重情況及出現國家安全面臨重大現實威脅的情況。法例也指，面對這三種情形，駐港國安公署會立案偵查，最高人民檢察院指定有關檢察機關行使檢察權，最高人民法院指定有關法院行使審判權，而公署執行職務的行為，不受香港特區管轄，香港特區的執法人員也不得檢查、搜查和扣押他們，他們還享有香港法律規定的其他權利和豁免。
浸大新聞學系高級講師呂秉權指，香港政府難以監管、無法制衡駐港國安公署，這一次的副署長為曾任公安一局局長的李江舟，據指該局主要負責針對內地被指威脅政權的人，是內地最大的維穩部門，公安不方便明裏做的，就由該局處理，在內地不少維權人士也稱述，被公安一局帶走後，只要他們被認為有反政權，都會遭受一切手段打壓，甚至虐待刑求，呂秉權擔心，這些事情日後可能都會在香港發生，「銅鑼灣書店、肖建華案，日後可能會再次發生，我們也不知道。」