以往機場第三條跑道和港珠澳大橋填海工程，均有為中華白海豚設定警戒線，若超出行動水平（Action level），便要採取適當的補救行動；若超出極限水平（Limit level），在未有適當的補救行動時甚至要停工。不過，環保署自己的石鼓洲焚化爐工程未有訂立預警水平，即使工程破壞江豚生態亦無需補救。

香港海豚保育學會會長鄭家泰憂慮，工程不訂立警戒水平，便無監察機制警示江豚生境轉差，「我諗佢哋都只係希望工程快啲完成，唔好有呢啲水平阻住佢哋好順利去施工，今次連環保署自己都畀自己工程跳過呢個步驟，所以我哋覺得係非常大漏洞同缺失。」

環保署回覆時辯稱，焚化爐與三跑及港珠澳大橋不同，規模、性質及地理上都有頗大差別，因此環境監察的計劃及內容都會有所不同。署方會嚴格執行《環境影響評估條例》下的要求，盡量減少該工程項目對環境的影響。

翻查項目7月至11月的江豚監測數據，僅錄得1條江豚出沒紀錄。環保署指，每年6月至11月，江豚很少在石鼓洲附近水域出沒，而過去數月焚化爐項目只進行了海床勘探、工程測試和填海工程的預備工作，主體填海工程還未展開。

署方強調，工程提供多項緩解措施，包括避免在江豚最活躍的季節（12月至翌年5月）進行高噪音工程；設置隔泥幕以減少對水質及生態的影響；改用深層水泥拌合法填海以減少挖泥等。