根據港鐵工程展開前的推算，整個高鐵工程要挖掘出的泥石總共多達1,000萬立方米。港鐵曾和政府各部門協調，商討如何處置這批沙石。最後決定部份泥石運往內地，部份則供港珠澳大橋興建人工島、中九龍幹線填海、以及中環灣仔繞道填海工程之用，並曾建議土木工程拓展署提供躉船將沙石運走。
躉船在2012年卻多次未能按照預定時間接走泥頭，導致泥頭無法及時運走，這名工程師指：「原因係躉船泊位設計有問題，導致躉船喺西九龍海面大排長龍冇辦法同時運走泥頭，其次就係唔夠躉船運泥頭。」
《蘋果》去年取得承建商的西九總站進度報告披露了上述狀況，文件指在西九龍總站（南）的泥頭卸載位、輸送泥頭系統出問題，同時亦不夠躉船，情況直接導致挖掘工序受阻，更導致多宗索償。現時港珠澳大橋人工島亦正值施工高𥧌期，未知所使用來運送泥頭的是否同一批躉船。而除躉船問題外，文件亦披露因地質問題改動設計，最後導致挖掘延誤的問題，但文件無詳細交代是甚麼地質問題。