台灣移民署早前以3,600萬元新台幣（約850萬港元），購買22套生物特徵辨識系統，分別部署在桃園機場、高雄小港機場等，最快3月啓用。大陸人士每次入境，都必須現場打指模、擷取臉部影像、掃描眼睛虹膜，再與影像資料庫進行比對。若比對率太低，電腦系統將提醒移民官加強查驗證件、護照。
移民署指出，透過生物特徵辨識技術進行出入境查驗工作，可有效查察利用改名、假冒身份、偷渡、非法打工、逾期停留及政治滲透等不法行為。而移民署還將資料庫檔案與國內外相關單位進行情資交換。
近年，世界各地逐漸將生物特徵引入海關查驗，主要是防範恐怖分子。但對於台灣移民署針對大陸人士的查驗措施，兩岸家庭關懷協會秘書長劉祥琦表示，此舉將對高消費力的大陸遊客造成羞辱，也是對台灣人的大陸配偶和外籍配偶採取兩套標準，是對人權嚴重侵犯。