對於接受壹傳媒集團主席黎智英捐款，香港教區陳日君樞機表示，是以個人名義接收捐款。款項是用於適合主教身份、但不宜動用教區金錢的事情，包括捐款給本港慈善團體、支援內地修生修女到羅馬進修，以及捐款救助外地的天災，以及自己到海外開會旅費。

陳日君表示，黎智英沒要求怎樣運用捐款，他亦沒向交代用途。

Foxy軟件近日洩露一份疑似壹傳媒集團主席黎智英的半億捐款名單，揭露黎智英05年至今共捐出2,000萬元予天主教香港教區陳日君樞機。據了解，陳日君主要把捐款用作支援飽受中共打壓的地下教會等事宜。