整條污水輸送系統橫跨港島北面的地底，由北角伸延至西環，再接駁香港仔等港島南面地區。隧道深度70米至160米不等。工程人員透過挖掘數個豎井，直達地深處爆破開墾隧道。北角的工地正是挖掘最深的地段，深度等於中環怡和大廈的高度。隧道遠深於港鐵及過海隧道等建設，是預留空間，不妨礙建高樓的打樁工程。

目前排進維港的污水，約25%來自港島北部和西南部。港島污水隧道主要收集除渣後的污水，再運送到昂船洲污水處理廠消毒及殺滅大腸桿菌等細菌。淨化海港計劃第二期甲工程完成後，將能處理維港兩岸產生的所有污水，為570萬人口服務。工程預計2014年完工。
過去工程界篤信風水等原因，建造工程由男性主導，女性鮮有機會進入地盤。但隨着社會進步，負責是次計劃北角工地部份的爆破監督工程師佘小萍，就打破了舊有的傳統，成為首位在最深污水隧道工作的女工程師。她不諱言，地盤工作人員一向言行較豪邁，她卻得到同事份外禮貌對待，「同事見我係女仔，對我特別斯文、特別優待。」
爆破工程以火藥引爆地底的岩石，佘小萍的工作包括檢查承建商的爆破評估及施工程序，由政府九龍爆炸品倉庫運送到檢查炸藥也由她一手包辦。她坦言，初期監督爆破工程，最怕爆炸巨響，經過兩年實地體驗，已適應下來。