報道指事發時烏雲蓋頂,雷電交加,D3115次、從杭州開往福州的列車在永嘉站停車近半小時。其間原來不停站、從北京開往福州的D301次列車,亦在永嘉站停車。至晚上8時15分,D3115次獲調度授權開車,而遇到紅燈信號,列車以目視方式行駛,限速20公里。D3115次離開永嘉站後,以近200公里時速行駛12公里,遇到紅燈列車便減速至20公里前進。
鐵路專業人士指,當線路信號出現故障,只能容許一列列車通過,但在D3115次列車開行後9分鐘、即晚上8時24分,調度員批准D301次開車,而且發出的授權未有限速,列車以正常速度行駛,逐步接近以慢速行駛的D3115次。而在這危急關頭,列車的自動防護系統(ATP)系統失靈、令應該出現的紅燈未有亮着,造成大災難。
《中國新聞周刊》題為「人算還是天算」的報道,敍述的事發經過相若,報道引述業者指,當局最先提出的雷擊說是站不住腳,因為雷擊即使D3115列車停下,在同一條軌道D301亦會停下,不可能出現追尾。而這次突破所有安全機制的事故,顯示中國在發展高鐵時,不但技術不成熟,而且調度管理上更顯不成熟。