特首林鄭月娥與教育局局長楊潤雄挑起有關香港三權分立的爭議。曾任問責局長的王永平撰文反駁林鄭，指林鄭稱香港沒有三權分立的言論「不是事實」，質疑林鄭否定香港有三權分立的客觀事實，又不想學生認識香港有三權分立，原因是「順應中央強調對香港有全面管治權的立場」，可見港府「凡事都先講求政治正確」。

曾任公務員事務局局長的王永平在《AM730》撰文指，《基本法》下三權「不僅是分工，還可以互相制衡」，反問「把這種關係稱之為『三權分立』，有何不可？」再者即使香港特區行使的所有權力來自中央，中央亦只委任特首為特區之首，「但卻不等於行政機關以外的香港立法會和司法機構都要透過行政長官向中央負責」。

王永平續指，《基本法》並無規定立法會和司法機關須透過特首向中央負責，亦沒有額外要求立法會和司法機關，就日常工作或司法工作，直接或間接透過特首向中央負責。他強調，香港的三權分立「不影響中央與特區的憲制關係，更符合《基本法》的具體條文」。

王解讀港府這次刪除教科書中有關三權分立的內容及林鄭言論時指，「這個做法是想順應中央強調對香港有全面管治權的立場，這也是今屆政府凡事都先講求政治正確的一個例子」。最後他表明希望港府不要透過「港版國安法」，禁止市民或法律界使用「三權分立」這名詞，並希望林鄭有勇氣維護三權分立的最關鍵元素、同時已岌岌可危的司法獨立。

另外，翻查前政務司司長林瑞麟於2003出任政制事務局局長期間，在一次立法會辯論有關普選特首及全體立法會議員的議案時，曾提到自己對香港前途「比較有希望」，他列舉的3個理由中，第一個就是「我們在香港已經有一個三權分立、透明和依照法律成立的制度」。

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