雖然一地兩檢方案被指有違《基本法》，但人大常委會仍在此法律爭議下通過有關方案，翻查資料可見，自從拋出一地兩檢方案後，特區政府曾以深圳灣口岸為例，指一地兩檢方案早有先例，但有關比較卻被質疑是企圖「博懵」。

深圳灣原屬深圳，人大常委會2006年決定授權香港特區政府租賃深圳灣口岸「港方口岸區」，再由國務院批覆，香港於翌年才展開本地立法。有別於這次西九站的安排，兩地政府先就一地兩檢簽訂《合作安排》，再由國務院提交全國人大常委會批准及確認。

而深圳灣並無《基本法》中香港特區不能實施內地法律的限制，非如深圳灣口岸「擴大」香港權力及管轄範圍，反之更是港府「放棄」內地口岸區內的管轄權，並要實施內地法律。

07年有份審議深圳灣口岸草案的前法律界立法會議員吳靄儀便曾撰文指兩者有別，「深圳灣口岸的一地兩檢，基本上是在內地成立特區的『新租界』。『新租界』雖由國務院說明是由香港以禁區形式管理，但一切香港法律得以在區內生效。這個模式，其實會引起很多難以預計的法律問題，但若然將這個模式『回流』，反過來用於在香港實施，那就是眼前的一場大禍。」