對於陳水扁在新年講話中的當面指摘，台北市長兼國民黨主席馬英九相當憤怒，會後指陳水扁亂扣在野黨主張統一的大帽子，只會拼政治、不會拼經濟。他呼籲：「總統你醒醒啊」。
馬英九昨晨穿着藍色運動服出席官方升旗、團拜等活動。開始時，陳水扁笑臉相迎，兩人還短暫交談。馬英九其後指，他對陳說「恭喜你長高了」；陳水扁則對他說：「希望軍購案盡快通過」，他隨即回應「我們會很理性」。而馬英九出席元旦團拜時，原被安排在第一排、副總統呂秀蓮旁邊的位置，但他堅持依以往台北市長出席的習慣，坐到最後幾排的位置。
陳水扁發表新年講話時，不點名地批評馬英九主張統一、反對軍購。台下的馬英九面色凝重，離開總統府後隨即向傳媒表示，對陳水扁「扣帽子」已經很習慣，他奉勸陳總統不要再拼政治，要趕緊拼經濟，他還說：「總統你要醒醒啊。」