陳日君擔當教廷重任,反映了他一直深受教廷寵信。已故教宗若望保祿二世去年病逝後,有傳他○三年任命三十一名樞機主教時,其中一人身份是「默存心中」,從未向外公布。當時不少梵蒂岡觀察員分析,陳日君就是未被披露身份的神秘樞機,雖然陳日君斷然否認,但足證他在教廷地位舉足輕重。
陳目前身兼教廷三個委員會成員,包括宗座禮儀委員會、亞洲主教團會議後跟進小組成員及世界主教團會議後跟進小組成員。均由教宗親自委任。
即將晉升樞機主教之列的陳日君,八九至九六年間到內地修院任教,九六年十月被委任為香港教區助理主教。已故香港教區主教胡振中樞機○二年去世後,陳即接任主教一職至今。
根據教廷習慣,神職人員晉升主教後,會設計一個能表達其工作目標及理想的牧徽。陳的牧徽由慈幼會一名修士設計,構思來自聖若望鮑思高一個神夢,內容是鮑思高夢見教會的船戰勝凶險波濤,在兩條柱中間得到安寧,意指「洶湧波濤莫驚怕,平安抵岸全靠祂。」