根據協議,高鐵實際乘客量與預期偏差較大時,九鐵公司與港鐵公司會根據公平及對稱的機制攤分收益或承擔風險。如果實際乘客量與預期偏差在15%以內,港鐵公司會全數承擔風險或攤分收益;如果偏差在15%以外,港鐵公司和九鐵公司將按30%:70%的比例承擔風險或攤分收益。
根據政府與九鐵公司簽訂的《歸屬契據》和《轉讓契據》,政府以象徵式價格把營運高鐵所需土地賦予九鐵公司。九鐵公司再透過與港鐵公司訂立的《服務經營權補充協議》,把高鐵經營權授予港鐵。
換言之,當高鐵營運狀況大失預算時,由政府全資擁有的九鐵要大幅補貼港鐵虧蝕,等於由納稅人埋單,而根據過往鐵路工程超支及延誤往績,這情況並非難以預見。