賴昌星被沒收財產的結構複雜，當時專案組不分青紅皂白，只要沾賴昌星邊的財產統統沒收，殃及諸多合夥人，包括賴老婆及兄弟。賴的家屬去年已公開投訴，法院從不交付涉案的資產沒收清單，資產去向不明。據稱，賴僅被沒收的土地就有1,500多畝，加上被沒收的房產及其他財產，有分析指現值逾千億人民幣。
內地最高法院去年12月發佈《關於依法妥善處理歷史形成的產權案件工作實施意見》，提出要「規範涉案財物的處置，維護涉案企業和人員權益」，意思是法院要求區分違法者違法所得和合法財產，及嚴格執行涉案財物的保管、處置制度。
分析認為，賴昌星顯然對當局這個新的法律意見有所領會，因為他出事前財大氣粗，旗下不少公司雖是他出錢，但未必是他掛名，故他要打財產官司，爭回那些不是他名下、但實際是他所有的財產；上書前總理朱鎔基批專案組侵吞財物，只不過是把朱與事件切割，同時引起朱的注意。
《蘋果》記者