該學院院長童瑤表示，該院自2004年起已與醫學院及理學院合作，開展跨學科中醫藥課題研究。由於本港並沒有中醫醫院，要展開中醫藥人體臨床研究較為困難，故需從公立醫院入手。童瑤表示，今年會在三間公立醫院展開研究項目，包括與九龍醫院合作進行針灸治療抑鬱症臨床研究，在大口環根德公爵夫人兒童醫院進行針灸治療腦受損後遺症研究，以及在瑪麗醫院婦產科開展中藥複方治療更年期綜合症的研究。
中醫藥學院自06年起，開辦西醫學習中醫的證書課程，讓西醫對中醫有基本了解，促進本港中西醫交流合作，每屆吸引50至80名西醫及護理人員修讀，現計劃於明年開辦相關的碩士學位課程，為證書課程畢業生提供深造機會。
童瑤指中醫全科學士學位課程也融合了西醫知識，中醫學生須在瑪麗醫院西醫診斷學系及內科進行臨床見習，令畢業生具備與西醫交流的能力；課程同樣重視中醫臨床實習及科研，學生在第五年進行為期40周內地臨床實習，明年更會與上海中醫藥大學進行交換生計劃。