路政署承認,施工期間及竣工後均會對附近自然生態造成影響,填海活動會滋擾中華白海豚等海洋生物,而屯門西繞道亦毗鄰小冷水的蝴蝶過冬場,署方會實施多項噪音、空氣及水質措施補救。另外,兩項工程附近有10多個大小歷史遺址及古蹟。
世界自然基金會高級環境保護主任朱炳盛擔心,中華白海豚的棲身地在工程完成後會消失,又批評政府進行環境評估時,未有考慮其他多項工程累積影響,「附近會有港珠澳大橋,又話有物流園,唔能夠個別工程嚟睇。」
鱗翅目學會秘書饒戈表示,從文件看來有關填海工程對小冷水的蝴蝶場未有直接影響,但學會發現該地帶的蝴蝶數量驟減,由原本1萬隻跌至約5,000隻,「唔知同附近碼頭填海有冇關。」他說若海岸線不停擴張,會影響蝴蝶生態。