奇景背後,亦有爭議,許多科學報告指出,藍眼淚的夜光藻,跟一般植物一樣,需要氮、磷、鉀三種要素成長。由農地或者家居排出的污水,例如洗碗水、食物殘渣就含蛋白質和氮,會令到海藻突然大量繁殖,引發紅潮。藻類會耗盡水中的氧氣,令海洋生物死亡,所以藍眼淚的出現,普遍認為是場生態災難。在當地土生土長,平日做藍眼淚生態導覽的民宿老闆莊順福,對此感到無奈。「幾十年前就見過藍眼淚,那時候怎可能有工業污染?」他認為這不是生態災難,反而是水產豐富的現象。
馬祖位於寒暖海流交匯處,對岸是大陸的閩江口,許多海洋養份隨潮汐而來,有利於藻類、微生物生長。這樣吸引了吃微生物的小魚,小魚又為燕鷗提供食物。到暑假結束後,因水溫下降,浮游生物慢慢解散,就到了人類捕魚的季節,「所以說,這是大自然的生態循環。藍眼淚的出現,就是捕魚季即將來臨的徵兆。」也許是我小人之心,總覺這說法有點瓜田李下。如何平衡旅遊發展與生態保育,本來就是比跟住矛盾去旅行更矛盾的課題。