報道指，賴昌星回來前，北京曾考慮交武警、軍隊、國安甚至中央警衞局看管，但因賴早年和這些機構都有瓜葛，尤其是國安與軍方，最後由公安部成立特別小組直接負責。對賴審查指示直接來自最高層。
審查員只能對賴的口供記「流水賬」，包括他到加拿大後所有情況，他人不能看流水賬，而且審查人員不停換人。賴回國一個多月，負責看守審訊他的小組已換了三批人員，由高層指派，非來自公安系統。
知情者指，賴昌星牽涉中共10年前眾多黨政軍高層，雖多數人現已退位或已死去，但有些活着的人對明年中共十八大仍有影響，故現在掌權者對賴昌星案十分謹慎，審查人員更怕處置不當，烏紗不保，甚至引來殺身之禍。
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