有份參與環評報告的鯨豚專家洪家耀說,江豚在世界上是易危物種,在中國長江流域一帶更屬瀕臨絕種,因此香港水域內的江豚相當珍貴。雖然政府承諾在索罟群島劃定海岸公園,並額外增加700公頃水域保育江豚,但洪家耀對此有保留:「700公頃未必足夠彌補石鼓洲棲息地嘅損失,而且至今政府仲未講清楚嗰700公頃喺邊。」
環評報告顯示,進行填海期間,工程會影響海洋生態,導致江豚可食用的海洋生物減少。工程船隻出入江豚棲息的水域時,亦可能撞傷撞死江豚,船隻帶來的噪音,又會滋擾江豚的生境。這些問題,在焚化爐啟用後仍會存在。
世界自然基金環境保育經理梁士倫批評政府一直無心保育江豚:「早喺2002年,董建華已經喺施政報告提出設立索罟群島海岸公園,到家都未搞得成,政府對江豚嘅保護明顯不足。」