同時，由於南丫島海難調查報告建議改善海上交通安全，當局會評估是否需向渡輪公司再額外提供新補助，以實施改善措施。
據運輸及房屋局提交立法會的文件，政府由2011年至2014年會向新渡輪及港九小輪提供1.15億元財政援助，將六條離島航線在三年內的票價加幅由20%以上降至10%。當局在進行檢討後，發現新渡輪及港九小輪在整個牌照期內的盈利率為5%，若無財政補助，則會虧蝕10%，所以離島渡輪票價並無減價空間。
運房局建議2014年至2017年向新渡輪及港九小輪的財政援助增至1.91億元，以應付成本上漲。而由於南丫島海難調查報告建議一系列措施改善海上安全，當局會評估是否需向兩渡輪公司再額外提供新補助，以推行新安全措施。新渡輪及港九小輪都承諾，未來三年就算需提出加價申請，加幅會溫和。