但有前任及現任特工批評,科米自把自為、僭越司法部權力,這樣極度自信的所為,反而令FBI遭受政治偏見、貪污的指控,並預期FBI將需要多年時間才能重獲公眾的信任。《敵人:FBI歷史》作者韋納(Tim Weiner)亦指出,「對科米而言,這是永遠也洗不掉的污點」。
事實上,科米不按常規辦事早有前科,於喬治布殊政府出任副司法部長時,曾一力阻止白宮官員試圖向司法部長阿什克羅夫特要求重新授權,進行一個國家安全局的監控計劃。由於科米質疑計劃不合法,威脅跟時任FBI局米勒辭職,結果成功阻止了白宮的行動。
美國《紐約時報》