民進黨章規定,若總統為民進黨員,由總統到任日起為黨主席,至卸任日為止,黨主席卓榮泰日前表態,若蔡需提前回任黨主席,絕對會配合。台媒認為,卓任黨主席期間,雖經歷初選紛擾,但選戰結果受全黨肯定,外界猜測他未來入閣機會高。黨內人士也認為,蔡重任黨主席後,林錫耀是黨秘書長一職人選。擔任蔡英文連任競選總部總幹事的林錫耀,從政過程多為副手,性格沉穩內斂、對派系熟悉,一向都是立法院長蘇貞昌的左右手,2010年新北市長選舉時已為蔡英文效力。
民進黨現時面臨派系問題,尤其激進派新潮流系「一派獨大」情況嚴重,蔡重執黨權後,如何整合黨內意見成最大難題。行政院方面,在行政院長蘇貞昌留任的前提下,內閣會有微調,現任立委李俊俋、林靜儀以及在花蓮高票落選的蕭美琴,都有機會進入行政院工作。
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