大學的民主牆一直由學生會管理，不過中大校董會卻涉插手民主牆風波，要求學生會盡快移除討論港獨的標語，否則由校方移除。中大學生會前會長王澄烽指，以往校園亦有港獨標語，校方雖會移走，但若標語位於由學生會管理的民主牆，校方不會拆走，印象中校方亦未曾干預過民主牆，形容是次做法遺禍深遠，日後校方或可DQ學生會。

2015年中大學生會會長王澄烽指，民主牆及文化廣場均屬於學生管理的地方，校方不應干預，批評沈以大學校長身份，將一己政治立場套用至整個中大，甚至濫權審查學生自治空間，漠視學生自治原則，「政權政治正確係大晒，完全唔理會校園民主，完全唔當學生一回事」，認為事件遺禍深遠，擔心校方日後甚至可DQ不符合其政見的學生會。

他稱，自已在任期間，校方從未要求學生會移除民主牆上任何標語，當時全校不同角落曾貼滿「支持香港獨立」的貼紙，校方雖有快速剷走，但屬於學生管理空間內的貼紙，卻沒有移除，亦未有要求學生會處理，「個時仲未逾越學生嘅界線」。他指出，過往在校園懸掛「平反六四」、「我要真普選」及「人民不會忘記」的橫額，校方亦大多以橫額不夠安全為由要求拆除，「以前唔會咁強硬」。

他認為，現時校方干涉民主牆，是因政治氣氛所致，「以前唔洗表忠呀嘛」，又反駁沈指港獨違反《基本法》的言論，指言論自由便是賦予大家提出任何非暴力政治理念的權利，校方無權阻止任何人發表政見。

2000年中大學生會副會長馮家強亦指，以往學生在民主牆提及公民抗命，雖被指鼓吹違法，但校方不會干預，印象中校方今次是首次干涉民主牆言論自由，馮批評校方即使不支持港獨，亦需堂堂正正在開放空間討論，而非以權力打壓。