孫楊在泳壇成績彪炳，不過在場外麻煩多多，與教練爭執、無牌駕駛、批評日本國歌難聽等，在「講求紀律」的中國體育制度之下，孫楊叛逆的性格更罕見。
13年，孫楊公開承認與一位比他大六年的空姐拍拖，被時任教練朱志根狠批因此耽誤訓練，三月孫楊被指與朱志根在訓練時發生衝突，從小教導孫楊的朱志根更出手掌摑他，而孫楊亦出言還擊，兩人輾轉在翌年四月結束師徒關係。一波未平，13年11月孫楊因無牌駕駛與一輛巴士相撞，被杭州公安處行政拘留7日及罰款2,000元人民幣，及後國家體育總局罰孫楊暫停一切運動員及商業活動，孫楊也在微博公開致歉。