機場第三條跑道的環評報告備受爭議，早前郊野公園及海岸公園委員會亦質疑報告內容。報告總顧問程明錦在電視節目中承認，在興建第三跑道的工程會影響中華白海豚，但暫時未能估計受影響的白海豚數目。

程明錦稱工程已設有緩解措施，對白海豚影響屬可接受水平，而計劃填海的位置並非白海豚主要活動及覓食的地方，故相信白海豚不會因工程而絕跡北大嶼山水域。

程明錦表示，專家團隊用了12至14個月，參考漁護處的數據調查中華白海豚數目。他指白海豚的活動範圍達數千公頃，而第三跑道的相關工程施工區域只佔600多公頃，故海豚仍有不少活動空間。他又指，經專家研究後建議興建的海岸公園達2,400公頃，相信可以吸引白海豚游到有關地區，但公園要待工程完結後才會開設。