組織指出,在中國,國安機構有系統監察、騷擾、恐嚇和秘密拘留維權人士和異見分子,當中包括酷刑和其他虐待。如果法案中沒有明確保證這些機構及其人員,要和香港政府受到同樣約束,確保他們履行尊重和保障人權的責任,則難以要求這些國安機構及人員為其侵犯人權的行為問責。
羅助華形容說:「香港當局已開始利用法律手段作武器對付市民,一個秘密行事的國安機構將會提供更多工具讓當局打壓人權,將香港變成一個警察社會。」港區國安法的草案說明提出,行政長官可以派指定法官審理有關國家安全的案件。組織認為,此舉有可能妨礙司法機構的獨立性。中共聲稱國安法只會影響極少數的人,但說法難以服眾。
草案列出分裂國家、顛覆國家政權、恐怖活動及勾結外國或者境外勢力危害國家安全等四類罪行,組織指出,政府對「恐怖活動」定義太過廣泛,聯合國七名人權專員早前便就香港反恐法例中的定義籠統、定義不清表示關注。