有環保組織憂慮港珠澳大橋工程會破壞大嶼山以北的海岸生態,嚴重破壞中華白海豚的棲息生境。環諮會在審議有關環評報告時,已要求不能在5、6月間的白海豚活躍時期,在機場島以西海域進行海底工程。海底工程也不得採用撞擊式打樁。
政府一直聲稱在大橋工程完工後,會規劃將大小磨刀洲劃定為海岸公園,卻未有就具體時間表作出承諾。環諮會已要求政府在大橋施工前,須先呈交海岸公園建議書,包括海岸公園的規範及管理細節。
此外,一群關心可持續發展社區居民及團體,昨在環諮會會議前到場請願,抗議大橋將令東涌、屯門及元朗等地區的空氣質素進一步惡化。環諮會也在接納環評的附加條件中,要求政府需加密監察總懸浮粒子等空氣污染物的水平。