華大基因每日平均處理過萬個樣本，高峰期每更需檢測2萬樣本，由前期的拆包、排單和提取樣本，到真正的測試和出結果，全部過程都由一個分為早晚兩更運作的60人以下團隊負責。有員工批評華大的監管頗為不足，縱使已向公司投訴有人「搖板」但未獲糾正，毅然離職，認為今次事件華大責無旁貸。

據內部員工阿松表示，深喉唾液樣本從檢測站收妥後，會被送到華大基因位於大埔工業邨的實驗室，工作人員會先將被包裹好的樣本拆包，再按試管瓶標籤的順序排單，之後唾液樣本會被提取至相應的器皿以準備後續檢測，「一塊板（器皿）有96格，其中92格係要檢測嘅樣本，其餘3格係放清水，1格放陽性sample，用嚟QC checking。」陽性樣本是已消除活性及沒有傳染性的武肺病毒，用作對照實驗以確保實驗參數正常。

樣本被加入到器皿後，會先進行離心處理，「之後就會擺入去PCR（聚合酶連鎖反應）嗰部機，透過一個光譜嚟搵到佢係陰性定陽性」，相關資料最後會被傳送到另一部門用作整合正式的報告。若果出現陽性樣本，華大基因的工作人員會重新抽取唾液樣本，再次進行上述一連串的步驟以作覆檢。若覆檢結果仍屬陽性，便會將報告呈交予衞生署再作跟進。

現時，早更和晚更分別有二十多人上班，每更有一名主管和統籌（即被捕的張姓男子擔當的職位）；拆包和提取因需合併完成，故會有十多人一同負責，排單、操作PCR機器和出報告則各有三至四人負責。阿松批評，華大的監管頗為不足，因未有事先察覺阿倫的不當做法，「（其他員工）真係頂唔順呢啲事走去投訴，佢（華大）先作出一個糾正，初頭都仲要係半信半疑。」他透露，有員工難以接受「搖板」屢次發生而決定離職，認為華大要為今次「搖板」及假陽性結果事件負責，「如果佢早啲做呢啲事（糾正），咁其實啲同事就唔使走啦，亦都唔會有『搖板』呢個事件出現。」

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