國務院港澳事務辦公室成立於1978年，以往港澳事務由國務院僑辦負責，但隨着香港前途問題出現，北京決定成立專責港澳事務的辦公室，並由曾任僑辦主任、對港澳政策有深厚認識的廖承志擔任首任主任。
港澳辦主任屬中央港澳事務協調小組當然成員，下設三名副主任，下設六個司，分別為秘書行政司、綜合司、政研司、聯絡司、交流司、法律司，除秘書行政司負責港澳辦內部行政秘書工作，其餘5司工作均與港澳事務直接有關。

策劃董建華腳痛下台

綜合司負責協調、監督中央落實港澳重要政策；政研司負責研究港澳政治、經濟及社會情況。
聯絡司負責聯繫港澳特區政府、審批內地公務人員來港、監管港澳在內地記者及新聞機構；交流司專責協調內地部門與特區政府交流、審批民間交流、參與擬訂內地駐港澳中資機構政策；法律司負責研究、落實《基本法》及處理內地與特區司法協作。
六司外，港澳辦下設港澳研究所，專題研究港澳政治、經濟、社會、文化、法律等，定期出版《港澳經濟年鑒》。
港澳辦在回歸後一直對香港政策扮演關鍵角色，多次重大政策轉變，包括前特首董建華「腳痛」下台，港澳辦主任均參與決策，所以泛民曾質疑港澳辦並非北京所說只是港澳政策的看門者，而是香港的「太上皇」。《蘋果》記者