鍾庭耀的民意調查被視香港眾多民調中最具公信力。2000年7月鍾庭耀在報章撰文,指前特首兼港大校監董建華,透過校長鄭耀宗及副校長黃紹倫施壓,要求停止特首及政府的民調,並警告若不停止調查,會被陰乾。港大成立獨立調查小組進行調查,確認鍾庭耀的指控屬實。
打擊鍾庭耀的行動並未有因而停止,2011年3月,中聯辦宣傳文體部部長郝鐵川批評港大民研的「港人對中國人身份認同感」調查不科學及不合邏輯,批評鍾庭耀有「顛覆」中國政權之意。
除了公開批評、撰文炮轟,打壓仍未止息。鍾庭耀在2012年特首選舉前,舉行民間全民投票,但網上投票系統當日遇到黑客襲擊,系統出現每秒逾百萬點擊,令系統癱瘓,大批市民改以紙筆投票,最終逾22萬人投票,55%投白票。