唐偉章自2009年出任理工大學校長，任內經歷各種校政和學生運動爭議。他於2010年上任之初，即要處理教職員指控前管理層賤賣學校資產「九宗罪」的事件，至2011年，適逢時任國務院副總理李克強訪港，理大社會工作系4年級學生黃佳鑫一度被警方困在港大後樓梯，唐偉章當時強調若黃佳鑫提出申訴，校方會協助。

社會政治爭議不斷，去年理大就香港專上學院（HKCC）講師劉小麗在一次撐小販行動中，涉違反校外工作指引展開紀律聆訊，被質疑是政治打壓。劉小麗說，聽到管理層消息指，唐偉章受到壓力下，曾決定若她留下刑事案底，便打算辭退她。

而於2012年，理工大學電機工程學系前系主任何兆鎏涉因個人利益，多番打壓屬下一名副教授，最後辭去系主任職位，校方調查委員會拒絕公開調查報告，唐偉章亦遭理大教職員協會及學生會怒批大學監管兒戲，未有維護學術自由。

而雨傘革命期間，唐偉章繼港大校長馬斐森及中大校長沈祖堯後，亦聯同科大陳繁昌、浸大陳新滋、嶺大鄭國漢和當時的教院張仁良，現身金鐘及中環佔領區探望學生。唐偉章當時稱因為擔心學生安危而出來，希望同學注意安全，並讚揚學生有理想及堅持，相信社會已聽到他們的訴求。