大學校園出現港獨標語，引發連串風波，行政會議召集人陳智思在電台節目表示，社會不應因年輕人提倡港獨，予以懲罰，應思考年輕人有港獨想法的原因。他認為本港自回歸以來出現重大轉變，在經濟及民生上不斷與內地融合，或令人有香港已變質的感覺，理解為何年輕人會感到抗拒，有相關想法是融合帶來的後遺症。但他強調，理解問題原因並不等於同意想法，建議應針對問題去解釋，向年輕人作正面分析，而非完全禁絕討論空間。

建制派立法會議員何君堯日前出席活動時，附和對搞港獨者「殺無赦」，並指「呢啲人唔殺咗佢做咩」。陳智思稱自己中文程度不好，不太理解說話的意思，但強調太激進的言論，只會激化社會有更激動的言論，對事情無好處。

陳智思日前亦曾就港獨事件表態，當時他指社會有空間容許學生表達不同政見及意見，底線是無論在校內校外都不可以違法，社會亦有道德標準，學校及家庭都有責任教導學生，若純粹是院校的紀律問題，最好由校方自行處理，因院校都有自己的規條及處理方式。