香港慢慢發行動組發言人蘇穎詩質疑票價超低勢難以回本。中文大學航空政策研究中心副主任羅祥國也指出，高鐵票價若比直通車便宜，將對直通車及過境巴士帶來衝擊，也非成功開拓新客源。他並指出，全球興建高鐵都有嚴重超支的例子，「特區政府用600幾億，都未必可以埋單。」
蘇穎詩指出，興建落馬洲支線時，當局估計2011年，每日有19.5萬人次乘坐，但最近乘客僅得6萬人次。羅祥國翻閱英法隧道高鐵94年興建的評估數據，發現當年顧問估計到了2004年，會有2,100萬人乘搭，但到了2008年搭客只得900萬人，「可以話，好多專家顧問都會高估用量。」
公共專業聯盟新高鐵專家組對行會昨通過高鐵方案表示十分失望，專家組成員梁啟智表示，無論從工程技術、交通接駁、環境影響等角度看，西九文化區毗鄰都不宜建高鐵總站，政府一意孤行，納稅人卻要為政府埋單。專家組重申將總站設在錦上路的方案，造價既比政府方案低近300億元，並只需遷移約50戶居民，只是菜園村戶數三分一；他們正游說各政黨支持。