兇案在當地前晚十時左右發生，四十一歲的克列布尼科夫離開坐落於莫斯科東北部的辦公室，在步向地鐵站途中，突遭兩名坐在附近一輛深色汽車內的男子連開十槍，然後開車逃去無蹤。

離辦公室被連轟10槍
十槍中，克列布尼科夫胸膛中了四槍，他即時倒地，最初仍然清醒，還叫途人幫他通知朋友。
和克列布尼科夫在同一座大樓工作的俄版《新聞周刊》編輯戈爾代耶夫聞訊，趕到現場，他說：「我問過保羅（克列布尼科夫）多次他在想甚麼，為甚麼發生這樣的事，但他都說不知道，又多次說最近沒有發現可疑的事。」克列布尼科夫送院途中證實不治。

揭露政商界黑幕見稱
警方在兇案現場發現了兩種子彈彈殼，斷定是有預謀的買兇殺人案，又成立了專案小組全力偵查，其中主要調查方向，是與克列布尼科夫的專業有關。克列布尼科夫的家人促請美國及國際社會協助緝兇。
克列布尼科夫一向以揭露俄羅斯政商界黑幕見稱，他對俄羅斯富豪的報道，令他和不少富豪結怨。除了今年五月列出俄羅斯一百大富豪榜，詳述他們的財富資料，令他們極度不滿，他還曾出書指現已移居英國的俄國富豪別列佐夫斯基下令殺人，將數以千萬計美元調離俄羅斯。
克列布尼科夫被殺，別列佐夫斯基冷冷地說：「那是他報道失實的後果」然後再補上一句：「不幸地，他報道新聞的方式非常武斷，有太多是揑造的，有人很不高興。」