樂園內一共種植了三百種不同品種的樹木，公園和酒店及周邊，則合共種植了逾一萬八千棵樹木，樹木主要來自中國、澳洲、泰國及馬來西亞。華特迪士尼首席園林建築師JohnSorenson接受訪問時指出，樂園四個主題園植樹也有不同主題。他先以進場迎接賓客的米奇老鼠花圃為例，花圃一年四季會種植不同的花朵。
進園後便直達美國小鎮大街，Sorenson表示，大街兩旁都種植了本土品種的樹木，但仍能像美國橡樹般營造出美國西部一九一○年的氣氛。由於大街沿路都是欣賞煙花的好位置，故兩旁樹木不能超過五米高。睡公主城堡一帶，則種植了來自泰國的星蘋果樹，樹葉背面呈金黃色，當晚上亮起射燈，樹葉便成為天然的反光板，照射得閃閃生光。
探險世界是樂園內最多樹木的地區，以營造熱帶森林的氣氛，不過Sorenson指出，樹木美麗也不能喧賓奪主，搶去這區的主角人造榕樹「泰山樹屋」的焦點。

進入幻想世界區，是各種修剪成不同卡通造型的植物雕塑，其中香港獨有的「夢想花園」觀景亭，經典電影米奇幻想曲的故事人物全都現身於植物雕塑中。
明日世界的主題是外太空，但區內卻有最古老的瓶子樹，Sorenson指，區內三棵巨型瓶子樹，是澳洲獨有樹種，最大的一棵有一百年樹齡。他指，瓶子樹雖非瀕危物種，但澳洲政府嚴格控制出口所以三棵巨型瓶子樹十分珍貴。