最新一份《審計報告》指出，本港獲豁免繳稅的慈善機構數目截至去年9月已增至8,923間，涉及免稅金額達118.4億元，部份更獲政府只收象徵式地價批地，但本港並無全面的法定機制以處理慈善機構的註冊和規管。審計署分析負責審核慈善機構稅務狀況的稅務局電腦資料庫，發現至去年9月仍有600多宗個案未完成覆查，當中11%已超過5年仍未完成，其中一宗個案的慈善機構於2009年4月交回問卷，但一直未獲處理，直至2016年9月稅務局才採取跟進行動，延誤達7年，審計署認為當局有需要檢討《稅務條例》條文。

慈善機構數目過去10年倍增，由2006年4,435間增至去年8,923間，籌款活動也日益繁多。審計報告指出，獲《稅務條例》扣稅的慈善捐款由2005/06年度52.5億元，增至2014/15年度118.4億元，10年間增幅為126%，估計在2014/15年度，政府少收逾15億元稅款；至於給予慈善機構稅務豁免而少收的收入，則沒現成統計數字。

根據《稅務條例》評稅的時限為6年，如稅務局後來發現某慈善機構免稅地位的確認要撤銷，則可能延遲對其利潤評稅。亦有慈善機構被揭發向董事違規支薪1,300萬元、出現不以慈善旨為宗旨的支出等，都因機構採取了補救行動而獲稅務局繼續其免稅地位。稅務局表示，雖然違反董事薪酬條款可能構成違反受信責任，而該機構事後僅停止再支薪而無追回1,300萬元，但該違反本身不會改變該機構的宗旨，因而不會改變其慈善地位，該局亦無權力要求慈善機構退款。

雖然稅務局慈善捐款組員工手冊規定，若慈善機構停止運作或不活躍，可撤銷其免稅地位。但審計署抽查其中7宗個案，發現有3宗都用了超過兩年時間來處理，其中一間機構更自獲確認為免稅慈善機構後，12年來未曾開始運作。

按現行法例，在公眾地方舉行賣旗、義賣或售賣獎券等，均需向社署、民政署或食環署申請許可證或牌照，但其他籌款活如網上募捐、慈善拍賣、舞會、音樂會、晚宴、以郵寄或廣告方式募捐等，均毋須申請，不受政府監察。審計署認為，3個發牌或發證部門需提高慈善機構及公眾對籌款活動最佳安排的認知。

此外，在街頭籌款需向獲社署發出許可證或向地政署及食環署申領有關牌照，但慈善機構屢「放飛機」。審計署報告指出，社署在2015年6月至2016年9月期間抽樣視察，巡視60次中，有30次都未見有何任籌款活動，即申請機構沒有到場；食環署在2,128巡察街頭販賣籌款活動中，近6成都「甩底」，比例偏高，反映未有善用公眾資源，剝削其他慈善機構使用有關場地。