根據生產力促進局的年報,該局前年收入只有三成多來自政府直接資助,但同年度其直轄及代理執行的項目,獲政府出資成立的創新及科技基金批出的資助總額達五千二百多萬元。該局由政府「打本」近二億五千萬元成立,全部資本其實都來自政府。
有曾任職生產力促進局人士指出,雖然該局接受政府直接資助不足五成,但同時獲創新科技基金等資助,當中存在灰色地帶,審計署卻無權過問該局運作。審計署首席審計師黃凝滔回應時承認,生產力促進局不在該署調查範圍。
劉慧卿認為,該局成立內部審核委員會是好事,但建議該局效法英基學校協會,主動邀請審計署審核,以增加公信力。