2018年落成的蓮塘/香園圍口岸相關工程超支嚴重。發展局最新估算顯示，口岸旅檢大樓等設施工程費用將由07年的33億元，暴增去年9月估算的69億元，計劃明年向立法會財委會申請撥款。

發展局辯稱，當初33億元的估算是根據07年的「粗略、初步概念」，當時旅檢大樓只有前期規劃，至09年研究後大樓設計改變，加入多項設施令工程成本增加。

根據發展局文件顯示，工程費用包括旅檢大樓設施、口岸內的運輸相關設施、停車場等建築工程，以及傢俬、設備和應急費用，但確實費用預算日後會再更新。發展局計劃將工程提升為甲級項目，今年8月將就工程招標，預計12月諮詢立法會發展事務委員會，明年初再向工務小組和財委會申請撥款，期望最快明年3月動工。

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