全長26公里的高鐵香港段，全經地下隧道貫穿，2010年1月動工至今，鑽挖工程已完成近六成，但沿線因地底工程引發的投訴不斷。大角嘴一幢大廈的居民投訴，鑽挖令大廈主樑現裂紋，由地面一直裂至五樓。居民指初時裂痕不大，但情況越來越嚴重，令他們憂慮安全。在元朗八鄉，居民也投訴高鐵工程把居所震致裂痕處處。
住戶向港鐵投訴後，正等候公證行的評估，暫未獲任何賠償。負責高鐵工程的港鐵公司表示，至今在元朗八鄉、錦田及大角嘴，共接獲44宗樓宇損毀投訴，正由公證行跟進，如證實與工程有關，公證行與承包商會與業主商討修葺。但港鐵強調不會因投訴暫停工程。
高鐵九龍總站的四層地下樓層和地面通道層的部份工程已完成，月台樓層也開始施工，整個高鐵工程預計在2015年完工。