專家早前曾指武漢肺炎有機會透過糞便傳染，中大醫學院研究證實，即使患者沒有腸胃不適，腸道及糞便依然發現活躍的武肺病毒；有康復者即使呼吸道樣本再無病毒，但糞便內的病毒仍具傳染性及可複製，是全球首次證實有關結果。因應嬰幼兒糞便中的病毒量又比成人高出多倍，中大宣佈成立「新冠病毒檢測中心」，致力為嬰幼兒作糞便檢測，以盡早識別隱形患者，截斷社區傳播鏈。

衞生防護中心傳染病處主任張竹君在疫情記者會被問及，會否加強化驗患者的大便樣本時，表示衞生署過去一直與中大合作，要求不能在咽喉或鼻腔取樣的嬰兒，留大便樣本化驗。醫管局總行政經理劉家獻就表示，由於患者大便仍可傳播病毒是今日才知悉的發現，故需要交由專家詳細討論。劉又指，他們一直有提醒出院患者注意個人衞生，包括如廁後要蓋上廁板沖廁。

中大醫學院於3月29日起為機場抵港人士提供免費的糞便檢測服務，至8月底共檢測2,128個糞便樣本，有97%為5歲以下小童，成功識別6名兒童確診者，比率為0.28%。另外，為了解病毒在患者腸道內的活躍程度和傳染性，中大醫學院在今年2至4月跟進15名病情嚴重程度不同患者，年齡介乎20至65歲，結果發現即使患者沒有腸胃不適，但近半糞便樣本都有病毒存在，當中更有3人在呼吸道樣本已偵測不到病毒的6日後，仍能在糞便樣本驗出具傳染性及可複製的武肺病毒。

中大醫學院腸道微生物群研究中心主任陳家亮表示，研究顯示有患者即使呼吸道樣本對病毒呈陰性，但糞便驗出的結果卻呈陽性，反映糞便是社區傳播其中一個很重要的因素，今成立的「新冠病毒檢測中心」希望能加大檢測樣本至每日2,000個，尤其針對嬰幼童作糞便檢測，以幫助社區盡快找出隱形患者。

中大醫學院腸道微生物群研究中心副主任黃秀娟解釋，研究顯示有50%以上病人的肛門拭子及糞便都能檢測到武肺病毒，反映消化道或是另一個病毒複製和活動的部位。而大便樣本中被武肺感染的細胞，發現出大量有病毒功能的「3端基因組」，顯示武肺病毒在腸道中仍然活躍。

中大醫學院微生物學系系主任兼腸道微生物群研究中心副主任陳基湘表示，透過糞便檢測可找出無病症患者，從而找出隱性傳播鏈，而糞便檢測特別適合嬰幼兒、收集痰液或鼻咽樣本有困難人士。在3月展開的糞便檢測所找出的6名嬰幼兒個案，6人都是3歲以下幼兒，2宗在4月驗出、4宗在8月驗出。其中一名確診的2歲嬰兒沒有病徵，入院時呼吸道樣本呈陽性，但隨後很快便轉陰性，然而該個案連續36天都在糞便樣本中驗到武肺病毒。

現時中大醫學院會透過衞生署，專注向從高風險地區回港、屬高風險的嬰幼兒，以及身體不適宜作鼻咽採樣人士作糞便檢測。陳基湘提醒，不排除康復者的糞便仍有傳染性，處理時仍要做好個人衞生，家人照顧康復的嬰兒時亦要注意，廁所亦應經常使用漂白水清潔消毒。

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