台灣原住民居住的部落在這次水災中首當其衝，遭到嚴重破壞。大陸將組團到他們居住的地區參訪，把災後重建和旅遊結合，以提高災區民眾對未來的信心，大陸國台辦亦捐贈2,000萬元（約9,600萬元新台幣）給台灣原住民受災家庭，但此舉惹台陸委會不滿。
在這次風災中，有部份重災區都是廣受大陸遊客歡迎的景點，如至今面目全非的阿里山，是鄒族的聚居地。阿里山現交通中斷、景區被泥石淹沒，讓不少陸客痛心。國家旅遊局長邵琪偉昨在北京會見到訪的台灣原住民立委高金素梅時指出，台灣原住民地區人文資源豐富、旅遊起步早、市場成熟，可以進一步擴大，大陸將採取多種措施，協助當地旅遊業發展。
高金素梅這次率少數民族到大陸訪問，除前日獲中共總書記接見外，她昨日亦代表原住民接受國台辦的捐款。由於這筆款項並非透過內政部或台灣紅十字會總會捐贈，陸委會副主委劉德勳昨稱，「這不是很好的方式」，未來在徵信程序或捐款運用上都會存在困難。