對於內地愛國會的角色，陳日君直言建交兩個條件，包括主教任命權及台灣問題均容易解決，但有其他障礙尚未清除，「例如愛國會啦，今日愛國會都幾大權㗎喎，特別係中央嘅愛國會凌駕喺主教之上。」他希望宗教局可多接觸內地的神職人員，各人放低自己利益，為大局着想。
他認為自己與內地關係微妙，希望中央了解他的言論是出於愛國；又指教廷委任他為樞機，相信是希望他在中梵關係上扮演角色，「問題係中方想唔想我參與呢？據我了解，某些人都會歡迎我關心呢件事，呢樣嘢唔係邊個贏邊個輸，而係大家一齊贏，對大家都有好處。」
陳日君承認教會過去在內地傳教時，有傳教士未能擺脫帝國主義思想，又反對信徒祭祖，令內地對天主教會存有戒心，但多任教宗已積極改正，中共掌權時，教會的改革已完成，「佢係同教會算舊賬，嗰啲賬其實真係幾舊㗎喎！」