文件又顯示,至今年9月底,高鐵工程共接獲695宗已具有理據的申索,申索金額約為147.4億元,當中約佔一半涉及西九龍總站。較今年3月底的數字,申索數目增加了14%,而申索金額增加37%。另外,至今年9月底,沙中綫工程共接獲130宗已具有理據的申索,申索金額約為2.56億元,其中大部份涉及土木工程。
路政署又發現,沙中綫除土瓜灣站因考古問題而滯後11至15個月外,其他工程亦有延誤,顯徑至馬仔坑隧道滯後2至3個月,馬頭圍站滯後5個月,紅磡站滯後3個月。而沙中綫第二階段紅磡至金鐘段亦滯後6個月,未必能按目標2020年通車。
至於南港島綫,路政署評估認為極大機會不能按目標2016年底通車,而且延誤幅度不斷惡化。最主要延誤在金鐘站擴建工程,挖掘進度因地質問題而滯後,而在港島綫隧道下加支撐架工程,需較原計劃進行更多的加固及臨時支撐工作,施工時間需大幅延長,6月時評估只滯後6個月,現時要再大幅延長。而觀塘延綫因何文田站及黃埔站繼續滯後,路政署認為按目標2016年底通車有風險。