為免外界特別是台灣在野黨對這次會談執到話題，惹出「被矮化」、「沒尊嚴」之說，當局在程序安排上十分謹慎，處處講究「對等公平」：雙方各派16名成員上台；會談開始海基會先入坐，海協會後入坐；座位安排採取長條形會議桌，江丙坤對陳雲林，陸委會副主委傅棟成對國台辦副主任、海協會副會長鄭立中，海基會副董事長高孔廉對海協會副會長孫亞夫等，一對一；甚至進入會議室時，雙方也由兩個門進入，以示平等。但發言順序則是由大陸海協會長陳雲林先行，可見雙方在各方面安排「力求對等」。
不過，在稍後的具體事務談判中，雙方代表則「略微不對等」：上午包機協商，台方是航政司長林志明，大陸則是民航總局台辦主任蒲照洲，而非民航主管官員；下午陸客赴台觀光談判，台方由觀光局長賴瑟珍上陣，大陸則是國家旅遊局副局長張希欽，而非局長邵琪偉，令台灣媒體嘆「海基會穿了小鞋」。