環境運輸及工務局與兩鐵達成合併方案的協議，並提交行政會議審批，稍後通過始會公布。根據協議，兩鐵合併會採用地鐵租九鐵的模式，由地鐵接管九鐵，但資產仍歸政府所有，政府相信此舉可避免買賣價爭議，尤其地鐵是上市公司，若小股民反對，合併便告吹。
政府和兩鐵都預計合併可產生協同效應，以及會減省部份高層管理職位，節省開支，兩鐵會把大部份減省的開支會以減價方式直接回饋乘客，短程減幅較小，長程較大。兩鐵計劃短程最少減一至兩角，若要地鐵與九鐵轉車的乘客，可減約一元，若要轉車同時又長程的乘客，可減超過二元。
政府又認為，合併可令地鐵壯大，有利地鐵公司到其他地區競投鐵路計劃，走向世界。兩鐵合併計劃仍需向立法會提交修訂法案，預計要一年後才正式完成合併。
立法會議員鄭家富表示，他昨日曾跟環運局官員聯絡，也獲悉不能很快便有合併的結論，「環運局局長廖秀冬都講過啦，三巴可加可減機制去行會都要四、五次，兩鐵合併咁複雜，點可能一、兩次會就傾完。」立法會審議合併有關的法案，也未必可能在○六年通過，故兩鐵可能要○七年才能正式合併。他認為兩鐵合併後，地鐵與九鐵的整體票價必須有合理的減幅，長程至少應減一成半，短程亦應減一成。