目前高鐵行李託運安排仍未落實，港鐵車務營運總管李聖基指出，因託運涉及清關手續，營辦商需要旅客證件正本去辦理相關手續，仍有眾多技術問題仍有待處理。在解決相關問題前，港鐵已決定安排承辦商提供行李寄存服務，乘客可免費將行李寄存在港，最長一個月。

日後離境旅客，在入閘前會有職員檢查行李尺寸，若乘客行李尺寸過大，港鐵會提供紅白藍膠袋拆細行李以便上車。惟過重行李則有嚴格限制，港鐵會拒絕乘客帶過重行李上車。

港鐵車務總監劉天成承認，兩地票務系統磨合上有漏洞，以致出現個別乘客，分別在兩地系統購票，可以買到同一程車的兩段路程，票價更便宜的情況。港鐵與內地鐵總正研究堵塞漏洞，希望在高鐵通車前解決有關問題。但他強調，因問題涉系統漏洞，買到相關車票的乘客，若使用有關車票乘坐高鐵，不會有任何懲處。

劉天成又指，由周一開始預售至昨日為止，港方售票渠道已售出15,000張車票，以前往廣州，廈門，福州及潮汕的列車較受歡迎。對於通車首日能否達到日均8萬客次目標，他則指「要拭目以待」。