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颱風山竹餘波未了，渠務署發現西貢污水處理廠部分喉管，以及二級處理設施因山竹吹襲受損，令污水處理廠只能維持一級污水處理服務，即只能篩除固體廢物和清除砂礫，附加消毒程序後污水就要排出。中大生命科學學院副教授陳竟明表示，污水處理廠經一級處理的污水，主要是篩除及沉澱污染物，而二級處理主要是清除污水中的營養物，未經二級處理的污水，即未有分解有機污染物，即「細菌無處理到就排出大海」。

陳竟明稱，污水處理廠若只處理一級污水後就排出大海，即時風險主要為細菌感染，如沙門氏菌、大腸桿菌等，對在附近海域游泳的市民健康構成風險，隨時會出現肚瀉、腸道疾病等，「無經二級處理，水域會有相當的『營養物』，會助長細菌滋生、藻類生長，會對游水的人構成威脅，水裡面會有沙門氏菌、大腸桿菌，唔小心飲咗海水會肚痛，仲擔心會有抗藥性細菌。」

他又稱，西貢有部分海鮮酒家會將海水抽入海鮮檔，提醒海鮮檔主現階段不要使用有關海水，否則市民進食有關食物後，可能會有腸道疾病。

除了對市民構成健康風險，他指出，未經二級處理的污水未能分解有機污染物，會助長藻類生長，終造成生態不平衡，可能出現紅潮。他指「唔知具體爛左乜」，但估計西貢污水處理廠最快要一至兩個月才能恢復正常運作，建議政府可進行臨時措施，將經一級處理後的污水附加消毒程序，包括加紫外光燈及臭氧，也應在污水處理廠排放口加入浮波，讓公眾知悉該處有污染物排出。

環保署網頁資料顯示，現時本港每日產生約280萬立方米的污水，污水會運送至渠務署運作的污水處理廠處理。而渠務署的資料顯示，全港有67個污水處理廠，污水處理可以分為以下五級：

●基本處理：包括篩除固體廢物和清除砂礫，清除污水中直徑超過6毫米的固體廢物及砂礫
●一級處理：以沉降過程去除污水中可沉澱的懸浮固體
●化學強化一級處理：在一級沉澱過程中加入化學品，如三氯化鐵，明礬，高份子電解質，以增強去除污水中的總懸浮固體的效果。
●二級處理：利用微生物淨化經一級處理後的污水中的有機污染物，達至所需的排放標準
●三級處理：屬最高水平的污水處理程序，以生物反應池及過濾的方法，將污水中的有機污染物、總懸浮固體和營養物減至極低水平

西貢污水處理廠位於西貢華福街，是一個二級污水處理廠，佔地約2.2公頃。每日處理8,000立方米的污水，為西貢區居民提供服務。現時67個污水處理廠中，只有昂坪污水處理廠可做到三級處理。